La participació a les eleccions al Parlament Europeu a la comarca de l'Alt Empordà se situava a les 18.00 hores en només el 24,96 per cent, gairebé quatre punts per sota que a les eleccions europees de fa cinc anys, segons les dades facilitades pel Ministeri de l'Interior. Aquesta baixa participació es constata a la majoria de municipis de la comarca. Així a Figueres, a les sis de la tarda havien votat el 25,10 per cent dels electors (26,86% el 2004), a Roses el 25,69 per cent (27,36% el 2004), a Castelló d'Empúries el 25,64 per cent (28,06% el 2004), a l'Escala el 26,65 per cent (25,13% el 2004), a Vilafant el 26,11 per cent (25,71% el 2004), a Llançà el 27,47 per cent (31,06% el 2004) i a la Jonquera el 28,73 per cent (28,82% el 2004). Tots els col·legis electorals han obert amb normalitat a les nou del matí. A Figueres, el Consell Municipal de Vilatenim ha denunciat la precarietat de condicions del col·legi electoral de l'antic ajuntament, que està en obres.

Al conjunt de Catalunya la participació electoral a les 18.00 hores era del 25,36 per cent, per sota del 29,03 per cent que hi havia a la mateixa hora a les europees de 2004, mentre que en el global de l'Estat Espanyol havia votat el 34,34 dels ciutadans amb dret a vot, en un percentatge similar al de fa cinc anys, quan a aquesta mateixa hora havia votat un 33,92 per cent del cens.