Amb la derrota dels carros dallats, el centre d’Antíoc, la falange amb sarisses, va quedar desprotegit d’ambdós costats. L’atac conjunt dels romans, legionaris de front i cavalleria per rereguarda i el costat esquerre va posar en greus dificultats la falange, que va formar projectant les sarisses en totes direccions, desafiant els romans a atacar cos a cos. Però els legionaris varen mantenir distàncies, llançant tota mena de projectils contra aquella massa compacta a la qual era difícil no encertar. Amb això, la falange va intentar tornar al seu campament, però la desbandada dels elefants, ferits i terroritzats, va acabar de desorganitzar la formació i la retirada es convertí en desbandada i la batalla, en massacre. Antíoc, fracassat també l’assalt al campament romà, ordenà la retirada a la cavalleria i fugí cap a Sardes, antiga capital del regne de Lídia. Aquell grandiós exèrcit que tan bé havia definit Anníbal, quedava estès a la plana de Magnèsia. Segons Titus Livi i Polibi, aquell dia varen morir 50.000 soldats d’Antíoc, xifra probablement exagerada, però en qualsevol cas, la batalla de Magnèsia va constituir una de les victòries més importants de la història de Roma i la fi de la potència d’Antíoc i Síria, en aquella primera estada de les legions a Àsia. Antíoc va entendre que no podia vèncer Roma i el 188 aC es va signar un tractat de pau a la ciutat d’Apamea, Roma representada per una comissió senatorial plenipotenciària de deu membres, amb condicions humiliants per a Antíoc: havia de renunciar a tota Anatòlia, no podia tenir flota a l’Egeu ni elefants ensinistrats i pagar 15.000 talents de plata, a més d’entregar tots els presoners de guerra sense demanar rescat. I per últim, Roma li va exigir que entregués Anníbal. Un dels grans beneficiats va ser el regne de Pèrgam, que aconseguí la major part d’Anatòlia, el Quersoneso, Lídia, Frígia, part de Cària i Pamfília i algunes ciutats gregues d’Àsia Menor, com Efes, per administrar-los «en nom de Roma», que d’aquesta manera també deixava clar que els seus aliats també obtenien una part del pastís. Quant als germans Escipió, de la mateixa manera que Publi Corneli s’havia guanyat el cognom de «l’Africà», Luci va ser conegut a partir de Magnesia amb el de «l’Asiàtic» i va celebrar un gran triomf a Roma. Però Roma era cruel amb els seus herois i tots dos germans varen ser acusats davant el Senat d’apropiar-se de part del botí, un procés que es va allargar durant anys (no és d’ara que la justícia és lenta). Luci va ser condemnat a pagar una forta multa i Publi, davant de l’assemblea popular, se’n va sortir recordant que el dia que se’l jutjava era precisament el de la seva victòria a Zama contra Anníbal; així fou que la multitud es va commoure i abandonaren els que l’acusaven. Però la ferida era profunda i Publi es va retirar de la vida pública a una de les seves propietats a Campània, on va morir l’any 183 aC havent dit que no volia ser enterrat a Roma. Escrivia Titus Livi: «Va passar els darrers anys a Literno, sense cap desig de tornar a Roma i es diu que poc abans de morir va donar ordres que se l’enterrés i es construís allí el monument funerari, de manera que no es poguessin celebrar els ritus funeraris a la seva pàtria ingrata. Va ser un home extraordinari, més distingit en les arts de la guerra que en les de la pau». L’oposició als Escipions havia guanyat la darrera batalla política, liderada per Marc Porci Cató i els conservadors furibunds, esclavistes i defensors de polítiques exteriors agressives i de conquesta, econòmicament més rendibles per als seus interessos personals.