La Generalitat de Catalunya i el Bisbat de Girona, amb la col·laboració de l’Ajuntament de Castelló d’Empúries, estan redactant un nou pla director per a la basílica de Santa Maria. El document programarà les actuacions que s’hi han de fer a mitjà i a llarg termini per garantir la preservació, l’ús i la continuïtat del temple per a futures generacions. Així, s’estructurà en tres grans blocs: en primer lloc, la delimitació de l’àmbit físic d’intervenció; en segon lloc, l’anàlisi històrica, constructiva, artística i ambiental de l’edifici, així com l’estudi de l’estat de conservació; i finalment, la formulació de propostes d’actuació.

El projecte està pressupostat en 73.065 euros, 50.000 dels quals els aportarà la Generalitat i els altres 23.065, el Bisbat. Es va posar en marxa la passada primavera i es preveu tenir-lo enllestit el desembre del 2026. L’equip redactor està dirigit per l’arquitecta Laia de Quintana Vilà i inclou l’arqueòloga Anna Maria Puig-Griessenberg, el restaurador Pau Arroyo Casals, els historiadors de l’art Iraida Sais Bou i Joaquim Rabaseda Matas, i l’arquitecte tècnic Ramon Reyes Rodero.